Музей музыкальных инструментов народов Северной Азии (г. Якутск) был открыт в 2017 году в Арктическом государственном институте культуры и искусств. Созданию музея предшествовала многолетняя исследовательская и собирательская деятельность известного российского ученого, этномузыколога, доктора искусствоведения, профессора кафедры искусствоведения Ю. И. Шейкина, побывавшего с более чем ста музыкально-этнографическими экспедициями в разных уголках Сибири и Дальнего Востока. В течение многолетней научной деятельности им была собрана уникальная коллекция музыкальных инструментов и звуковых орудий, которые использовались в обрядовой, праздничной и повседневной практике народов Сибири.
Началом активной экспедиционной, собирательской и научно-исследовательской деятельности Ю. И. Шейкина стали музыкально-этнографические экспедиции на Сахалин и Камчатку в 1966-1967 гг. под руководством композитора и музыковеда И. А. Бродского, этнографа Ю. А. Сема и лингвиста Л. И. Сем. Именно на Сахалине и Камчатке были сделаны первые фонозаписи музыкального фольклора айнов, нивхов, орочей, нанайцев, корейцев, чукчей и эскимосов. В студенческие годы и годы учебы в аспирантуре состоялись многочисленные экспедиции Ю. И. Шейкина в Приморском и Хабаровском краях, в результате которых были собраны аудиоматериалы и музыкальные инструменты тунгусо-маньчжурских народов Сибири: удэ, уссурийских нанайцев, нивхов, ульчей, орочей и др. В эти годы начала формироваться коллекция музыкальных инструментов, которую на протяжении всей своей научной деятельности продолжал собирать ученый.
С 1983 по 1993 годы Ю. И. Шейкин преподавал в Новосибирской государственной консерватории им. М. И. Глинки, где организовал и возглавил работу «Центра по изучению музыкального фольклора Сибири и Дальнего Востока» (позднее был переименован в «Центр этномузыковедческих исследований Северной Азии»). В целях сохранения и изучения традиционной музыки народов Сибири проводилась экспедиционная и научно-исследовательская работа совместно с региональными исследовательскими институтами и организациями культуры и искусства. В эти годы значительно расширилась география музыкально-этнографических экспедиций Ю. И. Шейкина и его учеников, которые впоследствии продолжили темы своих студенческих исследований в самостоятельной научной работе по музыкальному фольклору народов Алтая, Югры, Таймыра, Якутии, Чукотки, Сахалина, Приморья и др. В это время Юрий Ильич возглавляет работу Фольклорной комиссии Сибирской организации Союза композиторов РФ, а также сотрудничает с сектором фольклора Института филологии СО РАН в работе по подготовке к изданию музыковедческих разделов 60-томной серии «Памятники фольклора народов Сибири и Дальнего Востока». Были организованы Комплексные экспедиции под общим руководством члена корреспондента РАН А. Б. Соктоева с участием ведущих сибирских филологов, этнографов, фольклористов, музыковедов и др. В этот период были произведены многочисленные экспедиционные аудиозаписи и собраны фоноинструменты югорских, самодийских, тюркских, тунгусо-маньчжурских, палеоазиатских народов Сибири.
С 1993 по 2023 гг. Ю. И. Шейкин живет и работает в Якутии, где продолжает собирательскую, преподавательскую и научно-исследовательскую деятельность. В эти годы его коллекция пополняется преимущественно якутскими, эвенкийскими, эвенскими музыкальными инструментами и звуковыми орудиями. В целом, особенностью коллекции музыкальных инструментов Юрия Шейкина является ее исследовательская направленность, отражающая научные взгляды и методологические принципы ученого.
Юрий Ильич собрал уникальную коллекцию фоноинструментов, основываясь на разработанную им регионально-историческую типологию музыкальных инструментов народов Сибири. В основу этой типологии положен функциональный принцип, где инструменты рассматриваются в контексте музыкальной практики. Согласно автору типологии: «В каждой конкретной культуре и историко-географическом регионе фоноинструменты представлены пятью историческими формами интонационно-акустической практики:
1) Архаичной;
2) Фольклорной (традиционной);
3) Легендарно-мифологической;
4) Исторической;
5) Современной.»
Типология показывает процесс развития музыкального инструмента как постепенную эволюцию в изменяющихся исторических условиях, объясняет факты рождения новых инструментов и отмирания старых.